Keraton Yogyakarta adalah sebuah kompleks besar yang dirancang dengan teliti sebagai cerminan kosmologi Jawa. Inilah contoh arsitektur tradisional Jawa yang tidak ada bandingannya. Dirancang dan dibangun secara bertahap hingga selesai tahun 1790.

Paviliun Kompleks Keraton Yogyakarta dibangun menurut kepercayaan kuno dan masing-masing fitur kompleks seperti halaman hingga pohon memiliki arti simbolis khusus berkaitan dengan filsafat Jawa yang kompleks.

Keraton ini dibangun menghadap langsung ke arah utara Gunung Merapi. Di bagian Selatan berbatasan dengan Samudera Hindia yang diyakini sebagai tempat tinggal Nyi Loro Kidul, Ratu Laut Selatan dan dianggap sebagai permaisuri mistis sultan. Jalan Malioboro awalnya digunakan sebagai rute upacara dan membentuk sebuah garis lurus yang ditarik dari istana ke Gunung Merapi.

Sebuah alun-alun menghadap istana dengan pohon beringin besar di tengahnya, sementara di belakang istana juga terdapat alun-alun serupa. Ketika sultan meninggal, maka akan diadakan arak-arakan mulai dari gerbang selatan menuju makam para raja di Imogiri.

Istana ini dirancang lebih dari sekedar tempat tinggal kerajaan tetapi juga untuk menjadi titik pusat dari kegiatan sultan. Saat ini, Keraton adalah bagian dari sejarah hidup dan tradisi masyarakat Jawa. Digunakan  selain sebagai rumah sultan juga untuk acara kebudayaan dan upacara penting Keraton Yogya.

Sultan Hamengkubuwono X tetap menjadi penguasa dan pemilik gelar Sultan Yogya meskipun Yogya telah menjadi salah satu provinsi yang istimewa dalam Republik Indonesia. Sultan Yogya juga sekaligus merupakan gubernur provinsi Yogyakarta. Hingga kini sultan masih dianggap sebagai kepala budaya di Yogyakarta dan sangat dicintai oleh rakyatnya.

Meski dengan modernisasi yang dialami Yogyakarta namun Keraton Yogya tetap dihormati masyarakatnya yang mendalami mistisisme dan ilmu filsafat. Sore hari setelah keraton tertutup bagi pengunjung, para wanita dengan kostum tradisional Jawa terlihat sedang menyiram air dan bunga di pilar-pilar keraton dan menyalakan dupa untuk "membersihkan" keraton dari roh jahat.